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Aunque toda esta información la podemos encontrar en el codex de WordPress, aquí os pongo las llamadas en php más comunes y más utilizadas en nuestro WordPress.

En el header.php

<?php bloginfo('name'); ?>  Título del blog
<?php bloginfo('description'); ?>  Descripción del blog
<?php bloginfo('version'); ?>  Versión de WordPress
<?php bloginfo('url'); ? > URL del blog
<?php bloginfo('pingback_url'); ?>  URL de los Pingbacks del blog
<?php bloginfo('atom_url'); ?>  URL para los feeds Atom del blog
<?php bloginfo('rss2_url'); ?> URL para los feeds RSS2 del blog
<?php bloginfo('html_type'); ?> Versión HTML del blog
<?php bloginfo('charset'); ?>  Juego de Caracteres del blog
<?php bloginfo('stylesheet_url'); ?>  Ruta de la hoja de estilos("‘style.css")
<?php bloginfo('template_url'); ?>  Ruta del Theme actual

En el resto de archivos del theme

<?php the_content(); ?> Contenido de los posts
<?php if(have_posts()) : ?> Si hay posts...
<?php endif; ?> Cierra la condición
<?php while(have_posts()) : the_post(); ?> Mientras haya posts, muestralos
<?php endwhile; ?> Cierra el mientras
<?php get_header(); ?> Muestra el contenido de header.php
<?php get_sidebar(); ?> Muestra el contenido de sidebar.php
<?php get_footer(); ?> Muestra el contenido de footer.php
<?php the_date() ?> Muestra la fecha
<?php the_time() ?> Muestra la hora
<?php the_time('d-m-y') ?> Muestra la fecha en formato d-m-y
<?php comments_popup_link(); ?> Enlace a los comentarios del post
<?php wp_title(); ?>  Título del post o página
<?php the_permalink() ?> URL de post
<?php the_category(', ') ?> Categorías del post 
<?php the_author(); ?> Autor del post
<?php the_ID(); ?> ID del post 
<?php edit_post_link(); ?> Enlace para editar el post
<?php get_links_list(); ?> Enlaces del blogroll
<?php comments_template(); ?> Muestra el contenido de Comments.php
<?php wp_list_pages(); ?> Lista las páginas del blog
<?php wp_list_cats(); ?> Lista las categorías del blog
<?php next_post_link(' %link ') ?> Enlace al siguiente post
<?php previous_post_link('%link') ?> Enlace al post anterior
<?php get_calendar(); ?> Muestra el calendario
<?php wp_get_archives() ?> Muestra los archivos del blog
<?php posts_nav_link(); ?> Enlaces al  Siguiente o Anterior Post
<?php include(TEMPLATEPATH . ‘/archivo.php’); ?> Para incluir cualquier archivo que este dentro del theme
<?php the_search_query(); ?> Valor del formulario de búsqueda
<?php _e(’Texto’); ?> Muestra "Texto"
<?php wp_register(); ?> Enlace al registro
<?php wp_loginout(); ?> Enlace al login o logout
<?php wp_meta(); ?> Meta para administradores
<?php timer_stop(1); ?> Tiempo de carga del blog
<?php echo get_num_queries(); ?> Número de consultas al cargar el blog

Hay bastantes más, y aparte todas estas tienen un montón de opciones y combinaciones posibles, pero creo que con estás ya se puede hacer casi de todo, por lo menos para crearnos un theme de WordPress ya tenemos 😉